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Cuantificación proteómica dirigida de señalización NRF2

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Cuantificación proteómica dirigida de señalización NRF2 y biomarcadores predictivos en HNSCC

Abstracto
El oncogén NFE2L2/NRF2 y el factor de transcripción impulsan un programa de expresión génica que promueve la progresión del cáncer, la reprogramación metabólica, la evasión inmunitaria y la resistencia a la quimiorradiación.

La estratificación de pacientes por actividad de NRF2 puede guiar las decisiones de tratamiento para mejorar el resultado. Aquí, desarrollamos un ensayo de proteómica dirigida basado en espectrometría de masas (MS) basado en el monitoreo de reacción paralela activada por estándar interno (IS-PRM) para cuantificar 69 componentes y objetivos de la vía NRF2, así como 21 proteínas de amplia importancia clínica en cabeza y cuello escamoso carcinoma de células (HNSCC).

Mejoramos el algoritmo de adquisición IS-PRM existente, llamado SureQuantTM, para aumentar el rendimiento, la sensibilidad y la precisión. La prueba de la plataforma optimizada en 27 modelos de células de cáncer aerodigestivo superior y de pulmón reveló 35 proteínas sensibles a NRF2.

En los HNSCC fijados en formalina e incluidos en parafina (FFPE), la intensidad de señalización de NRF2 mostró una correlación positiva con las mutaciones activadoras de NRF2 y con la expresión de la proteína SOX2. PD-L2/CD273 y los marcadores proteicos de infiltración de células T se correlacionaron positivamente entre sí y con el estado de infección por el virus del papiloma humano (VPH).

La expresión de la proteína p16/CDKN2A se correlacionó positivamente con la proteína E7 oncogénica del VPH y confirmó la presencia de virus con actividad traduccional.

Este trabajo establece un ensayo de biomarcador de proteína HNSCC clínicamente procesable capaz de cuantificar más de 600 péptidos de tejidos congelados o archivados en FFPE en menos de 90 minutos.
Fuente
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.13.532474v1
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